コンドロイチンは、目の組織にも豊富に含まれており、目の健康を維持しています。

老眼は、目のオートフォーカス機能を合わせる調整能力の低下で起こります。
私たちの目は、レンズ役の水晶体が厚みを変化させながらピントを調整しています。
年と取ると、こうした水晶体の柔軟な伸縮性が失われていくのですが、ここでもコンドロイチンが関係しているのです。
コンドロイチンは、水晶体や、水晶体の周囲の筋肉に多量に存在し、目の自動焦点機能をスムーズに進める役目をになっています。
そのため、コンドロイチンが不足すると、水晶体が十分にふくらまなくなり、老眼の原因となってしまうのです。

硝子体でコンドロイチンが不足すると、硝子体の変形を招き「飛蚊症」を引き起こす原因にもなります。
角膜でコンドロイチンが不足すると、透明度が維持できなくなり、濁りの原因となります。

また、糖尿病性網膜症などの失明に至る目の病気の多くは、網膜にできる血管新生が原因とされていますが、コンドロイチンはこれらの不要な血管新生を抑制する効果がありますので、目の健康を保つためには欠かせないと言われています。